موضوع فارسی :اتصال و هدایت از مواد معدنی و آلی جایگزین در آنزیم DmpFG: دینامیک مولکولی مطالعه
موضوع انگلیسی :Binding and Channeling of Alternative Substrates in the Enzyme DmpFG: a Molecular Dynamics Study
تعداد صفحات :10
فرمت فایل :PDF
سال انتشار :2014
زبان مقاله : انگلیسی
چکیده DmpFG یک آنزیم دوعاملی متشکل از زیرواحد آلدولاز، DmpG، و یک زیر واحد دهیدروژناز، DmpF است. آلدهید متوسط تولید شده توسط آلدولاز به طور مستقیم از طریق یک کانال مولکولی دفن شده در ساختار پروتئین را از آلدولاز به سایت فعال دهیدروژناز هدایت. در این مطالعه، اتصال یک سری از لایه های به تدریج بزرگتر به آلدولاز، DmpG بررسی قرار داده اند، با استفاده از دینامیک مولکولی. تمام لایه ها بررسی می توان به راحتی در سایت فعال جایگزین، اتصال با ارزش انرژی آزاد مقایسه با بستر فیزیولوژیکی 4-هیدروکسی-2-ketoisovalerate. پس از آن، نمونه چتر به دست آوردن سطوح انرژی رایگان برای واسطه آلدهید (خواهد بود که از واکنش آلدولاز در هر یک از این لایه تولید) از طریق کانال به DmpF دهیدروژناز حرکت استفاده شده است. بسترهای کوچک با موانع محدود در یک فرآیند انرژی امکان پذیر هدایت شد. ما نشان می دهد که موانع جلوگیری از واسطه بزرگ مانند بنزآلدئید از حرکت از طریق پروتئین های نوع وحشی را می توان با جهش انتخابی از باقی مانده های کانال پوشش حذف، نشان دادن پتانسیل برای دوخت این آنزیم برای اجازه استفاده از آن را برای سنتز محصولات C شیمیایی خاص. علاوه بر این، موقعیت راه فرار موقتی در این کانال انعطاف FL تعیین شد
دانلود مقاله ISI اتصال و هدایت از مواد معدنی و آلی جایگزین در آنزیم DmpFG: دینامیک مولکولی مطالعه